La clémentine est née en Algérie autour de 1920, et elle doit son nom au directeur d'un orphelinat de la région d'Oran, le père Clément, qui aurait eu l'idée de croiser un mandarinier avec une orange douce. Le fruit ainsi créé étant un hybride dont la multiplication est obtenue par greffage, cela explique que la clémentine soit presque dépourvue de pépins.
L'idée de ce jésuite était brillante, car la clémentine supplante dorénavant la mandarine en popularité du fait qu'elle est plus facile à peler, moins acide et que sa chair dépourvue de pépins en fait une favorite des collations d'écoliers.
Elle est principalement cultivée au Maroc, en Algérie et en Espagne. La Corse n'exporte peu sa production, mais elle la prend très au sérieux, ayant même une section réservée à la culture de différentes variétés à son Institut de recherches agronomiques.
La clémentine doit son nom au Frère Clément2 (Vital Rodier, 1839-1904) de l'Institut des Frères de Notre-Dame de l'Annonciation, qui était chef de culture de l'orphelinat de Misserghin (près d'Oran, en Algérie).
En 1892, Louis Charles Trabut, botaniste et médecin français, avec le Frère Clément, aurait croisé volontairement un mandarinier avec un bigaradier. La clémentine a d'abord été considérée comme un hybride entre le mandarinier (Citrus deliciosa T'en.) et une variété de bigaradier à feuille de saule (Citrus salicifolia Raf. 'Granito'). Ce dernier avait été importé d'Espagne comme porte-greffe pour les cultures d'agrumes. Toutefois des études récentes menées par la station INRA de San-Giuliano en Corse consacrée à l'agrumiculture, ont montré à partir de l'analyse des chromosomes qu'il s'agissait en réalité d'un hybride entre le mandarinier et l'orange douce (Citrus sinensis). Quoi qu'il en soit, Louis Charles Trabut voulant rendre hommage à l'homme d'Église, décida de le nommer « clémentine » en son honneur.
La clémentine n'a pas de pépins contrairement à la mandarine. C'est un fruit vert à maturité, qui ne devient orange que sous l'effet de la baisse de température hivernale.
Les premières descriptions du clémentinier sont dues au docteur Louis Charles Trabut (1853-1929) qui les publia en 1902 dans la Revue horticole française no 10 et, en 1926, dans le Bulletin agricole de l'Algérie, Tunisie et Maroc3. À noter que le Traité pratique d'agriculture pour le nord de l'Afrique, paru en 1929, ne parle pas de clémentine mais seulement de « mandarine sans pépin ».
Avec la tangerine, elle a servi dans l'hybridation qui a donné la clemenvilla.
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